商业特许经营备案的注意事项主要包括以下几个方面：
1、提前准备相关材料：在进行商业特许经营备案前，应提前准备好相关材料，包括企业的营业执照、行业许可证、公司章程等，以及与特许经营相关的商标权、企业标志、专利权、专有技术等经营资源的注册证书原件及复印件。
2、确保符合“两店一年”基本条件：商业特许经营备案要求企业满足“两店一年”的基本条件，即拥有至少两家直营店，并且这两家直营店已经营满一年以上。这是为了确保企业有足够的实力和经验进行特许经营，并在商务主管部门开具相关证明，同时提供直营店租赁合同等材料。
3、特许经营合同：特许经营合同是备案的必要条件之一，企业在签订合同时应充分考虑合同的保密性、可执行性、信息的完整性等因素，以保障自身的利益。同时，合同模板内容应与加盟商签订的合同内容保持一致。
4、特许经营权人的经营资源：备案企业应当拥有合法的经营资源，如商标权，且其权利的行使具有独占性、稳定性以确保加盟商的权利，同时应当确保权利已覆盖所经营的商品或服务。
5、遵守备案时限：根据《商业特许经营管理条例》规定，特许人应当自第 一份订立特许经营合同之日起15日内向商务主管部门备案。逾期未备案的企业，因提交逾期备案说明，且可能会面临罚款等处罚。
6、了解备案性质与目的：备案并不属于事前的行政许可行为，而是一种告知性、公示性的事后确认的具体行政行为。其目的是为了规范特许经营行业发展，保障特许经营秩序的公平稳定。 因此，企业应积极配合商务主管部门的备案工作，以维护行业的健康发展。
综上所述，商业特许经营备案的注意事项涵盖了材料准备、基本条件、合同签订与审查、资质要求、备案时限以及备案性质与目的等方面。企业在进行备案时应严格遵守相关规定，以确保备案的顺利进行。
