1521年2月28日，奥斯曼帝国苏莱曼一世征服贝尔格莱德，城市的大部分被夷为平地。在其后的150年间，城市一直处于和平状态，也是该地区的首府。城市吸引了包括突厥人、亚美尼亚人、希腊人和拉古萨人在内的众多商人和移民。据推测，至17世纪，城市拥有人口约100,000。贝尔格莱德逐渐成为一座东方城市，拥有众多的奥斯曼建筑和清真寺[18]。1594年，塞尔维亚历史上三大起义之一的巴纳特起义爆发，但最终被奥斯曼帝国镇压。土耳其人烧毁了教堂并将圣萨瓦的遗体掘出，在弗拉查尔高地上焚烧[19]。
贝尔格莱德曾三次被奥地利哈布斯堡皇朝占领（1688年-1690年、1717年-1739年和1789年-1791年），但每次都被奥斯曼帝国迅速夺回并夷为平地[18]。在此期间，贝尔格莱德经历了两次塞尔维亚人大移民，成千上万的塞尔维亚人在大主教的带领下，于1690年和1737年-1739年跟随撤退的奥地利人前往哈布斯堡帝国，定居在今天的伏伊伏丁那和斯拉沃尼亚[20]。在第一次塞尔维亚人起义中，塞尔维亚起义军于1806年1月8日至1813年期间控制了贝尔格莱德，但随后被奥斯曼帝国夺回[21]。1817年，贝尔格莱德成为自治的塞尔维亚公国首都（1818年至1841年间首都为克拉古耶瓦茨）
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